1. Тег base href

<base href="http://example.com/">

Подобная конструкция доставляет неудобства с оформлением якорей (ссылок на части страницы через #).
Не понятно почему MODX было просто не сделать абсолютные пути от корня сайта.

Также динамический тег [[++site_url]] в base href иногда вызывает появление дублей с поддоменов сайта, поэтому его лучше вызывать некэшированным:[[!++site_url]].

2. Разработка на Windows

При разработке на Windows имеются проблемы с установкой приложений. Они просто не загружаются, не смотря на работающий curl.

3. Относительно медленная админка

Частично эта проблема исправлена в версии 2.4, но ExtJS по-прежнему вызывает тормоза и проблемы отображения в админке, приходится перезагружать страницу, что не добавляет скорости наполнения.

4. Сниппеты (php-код) и шаблоны редактируются через админку

Конечно, есть возможность отключить кэширование и использовать опцию “Статический файл”. Но все-равно неудобно, хочется нормального поведения из коробки.

5. Нет системы контроля версий

И это довольно плохо. Не всегда в админке работают профессионалы, которые понимают что именно делают. Для этого нужна система контроля версий как в WordPress. А пока это максимум дамп базы данных с общим “слепком” всех ресурсов.

6. Мало приложений

Плагинов мало и они иногда конфликтуют. Приложение Articles, например не понимает путей, если изменены настройки. В Twitter тоже не может отправить новую ссылку.
Так что при более менее сложном проекте приходится писать велосипеды. Коммьюнити относительно маленькое и низкого качества.

7. Относительно сложное обновление и перенос

Нужно переименовывать файлы, вручную чистить кэш, править базу данных.
И при опять же мало мальски сложная система обновляется с предупреждениями и ошибками. (подсказывают на этот случай плагин simpleUpdater)